Espèces protégées et mise en demeure de l’article L. 171-7 du code de l’environnement : le préfet doit mettre en demeure l’exploitant de déposer une demande de dérogation, même si les travaux n’ont pas commencé ou que l’installation n’est pas en fonctionnement

CE 16 décembre 2025 Association. pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne, req. n° 494931

Dans sa décision du 16 décembre dernier, le Conseil d’Etat poursuit la définition des contours des pouvoirs du Préfet qu’il tient de l’article L. 171-7 du code de l’environnement en matière de dérogation « espèces protégées ». Il vient préciser qu’il appartient au Préfet de mettre en demeure l’exploitant de régulariser sa situation au regard de la législation des espèces protégées, y compris lorsque l’installation autorisée pas encore exploitée, ou lorsque ses travaux de construction n’ont pas encore débuté.

Contexte de la décision :

Était en cause un projet de parc éolien classé au titre des installations classées pour la protection de l’environnement (ICPE) qui avait reçu une première autorisation environnementale en 2016, annulée par le juge, puis régularisée en 2022 par l’obtention d’une autorisation environnementale modificative devenue définitive à la suite du rejet du recours des deux associations environnementales ici requérantes.

Ces deux associations environnementales, considérant que le projet emportait un risque caractérisé pour certaines espèces protégées, ont alors saisi le préfet de la Côte-d’Or en lui demandant de mettre en demeure le porteur de projet à déposer une demande de dérogation « espèces protégées », sur le fondement des pouvoirs dont il dispose au titre de l’article L. 171-7 du code de l’environnement.

Devant le rejet implicite de cette demande par le Préfet, les associations ont formé une action contentieuse. Par un arrêt du 4 avril 2024, la cour administrative d’appel de Lyon a rejeté la demande d’annulation de la décision implicite du Préfet de ne pas enjoindre la société Q Energy à demander une dérogation « espèces protégées ». Le motif invoqué était que le parc éolien n’ayant pas été mis en service et que la construction n’ayant même pas encore débuté, les conditions de mise en œuvre de l’article L. 171-7 du code de l’environnement n’étaient pas réunies.

Les associations requérantes ont formé un pourvoi devant le Conseil d’État qui est venu censurer la décision rendue par la CAA.

La décision du Conseil d’État :

Dans la continuité de sa jurisprudence en matière de dérogation « espèces protégées, le Conseil d’État rappelle qu’il appartient au Préfet, au titre des pouvoirs qu’il tient de l’article L. 171-7 du code de l’environnement, de mettre en demeure l’exploitant de solliciter une demande de dérogation espèces protégées dès lors que le projet en cause présente un « risque suffisamment caractérisé » pour les espèces protégées, peu important à cet égard que le projet ait fait l’objet d’une autorisation environnementale devenue définitive ou que le risque ne résulte pas d’une modification de celle-ci ¹⁾CE, Sect, 6^ème et 5^ème chambre réunies, 8 juillet 2024, Association Ligue pour la protection des oiseaux, n°471174 commenté dans l’article « La dérogation à la destruction ou à la perturbation des espèces protégées, une obligation applicable sans limite de temps » publié en juillet 2024 sur le blog Adden .

Le Conseil d’état va toutefois plus loin, en jugeant que l’obligation de mise en demeure pesant sur le Préfet trouve aussi à s’appliquer à tout moment dans la mise en œuvre du projet – que l’installation soit ou non déjà exploitée voire même lorsque les travaux de construction n’ont pas encore débuté – si « des circonstances de fait nouvelles font apparaître que ces travaux ou le fonctionnement de l’installation seront susceptibles de présenter pour les espèces protégées un risque suffisamment caractérisé » ²⁾Conclusions de la rapporteure publique Mme Maïlys Lange sous l’arrêt du 16 décembre 2025 (n°494931).

La cour administrative d’appel de Lyon avait jugé à plusieurs reprises que la mise en demeure d’un exploitant par le Préfet sur le fondement de l’article L. 171-7 du code de l’environnement n’est possible que lorsqu’une installation est en cours de fonctionnement ³⁾CAA Lyon 27 avril 2023 Association Quel Horizon en Pays d’Issoire, req. n° 22LY01935 ; CAA Lyon 4 Avril 2024, req. n° 23LY02507 (censuré par le Conseil d’Etat dans l’arrêt commenté).

Dans ses conclusions sur l’arrêt de la Cour administrative d’appel de Lyon de 2023, le rapporteur public avait souligné que « Ainsi, avant le fonctionnement du parc éolien, le tiers intéressé ne peut demander au préfet compétent de mettre en demeure le pétitionnaire de déposer une demande de dérogation, cette autorité administrative n’ayant pas le pouvoir de prendre une telle mesure, qui ne relève pas des prescriptions complémentaires qu’il peut imposer.

(…)

Cela permettrait en effet à un tiers intéressé, qui a omis de soulever l’absence de dérogation à l’encontre de l’autorisation environnementale accordée, dans le délai de deux mois à compter de la communication aux parties du premier mémoire en défense, de soulever de nouveau cette absence de dérogation à l’appui d’un recours en contestation de la décision du préfet refusant de mettre en demeure le pétitionnaire de déposer une demande de dérogation Cela irait à l’encontre de la sécurité juridique des autorisations environnementales » ⁴⁾Revue ALYODA 2023, n° 2, Conclusions de Christophe Rivière.

Faisant primer la « logique préventive de la police environnementale », le Conseil d’Etat casse ce raisonnement pour erreur de droit en jugeant que le Préfet doit faire usage de ses pouvoirs au titre de l’article L. 171-7 du code de l’environnement et contraindre au dépôt d’une demande de dérogation espèces protégées dès lors qu’un projet présente un risque suffisamment caractérisé, et ce à tout moment, peu important que l’autorisation environnementale soit définitive, et que l’installation en cause ne soit ni construite, ni en fonctionnement.

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