Clause de sauvegarde et ICPE : le Conseil d’État confirme un contrôle concret des incidences environnementales par le préfet

CE 28 avril 2026, req. n° 499306 : mentionné aux tables du recueil Lebon

Par un arrêt du 28 avril 2026, le Conseil d’État confirme la décision de la cour administrative d’appel de Nantes qui avait annulé l’enregistrement de l’installation de méthanisation du Roi Morvan.

De ce fait, il confirme la solution dégagée dans la jurisprudence France Nature Environnement du 25 septembre 2019 ¹⁾CE 25 septembre 2019, France Nature Environnement, req. n°427145 aux tables et aux conclusions de L. Dutheillet de Lamothe en matière d’installations classées pour la protection de l’environnement (« ICPE ») : il souligne que le préfet doit apprécier si les caractéristiques du projet et ses incidences potentielles justifient qu’une installation relevant en principe du régime de l’enregistrement soit instruite selon la procédure d’autorisation environnementale ; et précise les obligations de ce dernier.

L’affaire concernait un projet d’installation de méthanisation porté par la société Centrale Biométhane du Roi Morvan sur le territoire de la commune de Guiscriff (Morbihan).

En effet, par une demande du 13 août 2021, complétée le 13 juillet 2022, ladite société a sollicité du préfet du Morbihan l’enregistrement, au titre de la législation sur les ICPE, d’une installation de méthanisation de déchets agricoles et industriels, destinée à traiter environ 33 000 tonnes par an, soit environ 90 tonnes par jour.

Comme rappelé par le rapporteur public Nicolas Agnoux dans ses conclusions ²⁾CE 28 avril 2026 req. n° 499306, conclusions de M. Nicolas AGNOUX, Rapporteur public , dans la nomenclature ICPE, les installations de méthanisation relèvent :

• du régime de l’enregistrement lorsque leur volume de traitement des déchets varie entre 30 et 100 tonnes par jour ;
• et du régime de l’autorisation au-delà de 100 tonnes par jour.

En effet, en matière d’ICPE, le régime d’enregistrement est un régime d’autorisation simplifiée mis en place en 2009, plus strict que le régime de déclaration et plus souple que celui de l’autorisation.

Le passage de l’un à l’autre de ces régimes via une « approche standardisée » liée à des seuils a été interrogé, comme le rapporteur public le souligne dans cette affaire. C’est pourquoi, en application de la directive 2011/92/UE du 13 décembre 2011 relative à l’évaluation des incidences de certains projets sur l’environnement, un mécanisme de « clause de sauvegarde » a été introduit à l’article L. 512-7-2 du code de l’environnement.

En vertu de celui-ci, le préfet peut décider que la demande d’enregistrement bascule dans le régime d’autorisation et sera soumise à évaluation environnementale à raison de critères susvisés appréciés casuistiquement. C’est précisément la mise en œuvre de cette clause de sauvegarde qui était en cause dans l’affaire commentée.

En l’espèce, par un arrêté du 16 janvier 2023, pris sur le fondement de l’article L. 512-7 du code de l’environnement, le préfet du Morbihan a procédé à l’enregistrement de cette installation de méthanisation.

Les associations Eau et Rivières de Bretagne et Bretagne Vivante SEPNB ont demandé au tribunal administratif de Rennes l’annulation de cet arrêté, qui a rejeté leur demande.

Saisie en appel, la cour administrative d’appel de Nantes a, par un arrêt du 1er octobre 2024, annulé ce jugement ainsi que l’arrêté préfectoral d’enregistrement, en estimant que le projet aurait dû être instruit selon la procédure d’autorisation environnementale avec évaluation environnementale et que le vice affectant l’arrêté n’était pas régularisable.

Par deux pourvois joints, la société Centrale Biométhane du Roi Morvan et la ministre de la transition écologique, de l’énergie, du climat et de la prévention des risques demandaient l’annulation de cette décision.

Dans cet arrêt du 28 avril 2026, le Conseil d’État commence par rappeler l’état du droit applicable en matière d’examen des installations relevant du régime de l’enregistrement.

Il reprend et précise la solution dégagée par sa décision France Nature Environnement du 25 septembre 2019 ³⁾CE 25 septembre 2019, France Nature Environnement, req. n° 427145 prec., rendue à la lumière de la directive de 2011 relative à l’évaluation des incidences de certains projets sur l’environnement, selon laquelle le préfet doit apprécier la nécessité d’une évaluation environnementale « au regard tant des caractéristiques et de la localisation du projet que du type et des caractéristiques de ses incidences potentielles sur l’environnement » (point 3).

Le Conseil rappelle que la mise en œuvre de la clause de sauvegarde prévue à l’article L. 512-7-2 du code de l’environnement, permettant au préfet de faire basculer une demande d’enregistrement dans le régime de l’autorisation, suppose une appréciation prenant en compte non seulement la sensibilité environnementale du milieu au regard de la localisation du projet et le cumul des incidences avec d’autres projets situés dans la zone, mais également l’ensemble des autres critères mentionnés à l’annexe III de la directive 2011/92/UE, relatifs aux caractéristiques du projet et aux types et caractéristiques de ses impacts potentiels.

La haute juridiction valide ensuite le raisonnement suivi par la cour administrative d’appel. Elle relève que celle-ci s’est fondée :

• sur les caractéristiques du projet, notamment le volume de matières traitées, très proche du seuil du régime d’autorisation (environ 33 000 t/an)
• sur la localisation des parcelles bordées de haies constituant un corridor écologique et l’habitat d’espèces protégées, à proximité de plusieurs zones naturelles d’inventaires écologiques, faunistiques et floristiques, d’une zone humide et en tête du bassin versant de l’Isole.

Ce faisant, selon lui, « le préfet n’avait pu légalement estimer que le projet litigieux relevait de la procédure de l’enregistrement, et non de celles de l’autorisation et de l’évaluation environnementales ». Par cette décision, le juge administratif confirme donc que le préfet doit procéder à une appréciation concrète des incidences potentielles du projet au regard de l’ensemble des critères de l’annexe III de la directive.

Enfin, la haute juridiction se prononce sur la possibilité de régulariser un arrêté d’enregistrement entaché d’un défaut d’évaluation environnementale.

Elle rappelle que, lorsqu’il est saisi de conclusions en ce sens, le juge administratif peut surseoir à statuer afin de permettre une régularisation, soit sur le fondement de l’article L. 181-18 du code de l’environnement lorsque ces dispositions sont applicables, soit dans le cadre de son office de juge de plein contentieux des ICPE ; et ce après avoir invité les parties à présenter leurs observations.

Toutefois, le Conseil d’État juge que la cour administrative d’appel pouvait légalement estimer que le vice affectant l’arrêté, tenant à l’absence d’instruction selon la procédure d’autorisation environnementale et à l’absence d’évaluation environnementale, n’était pas régularisable eu égard à son importance : « le projet en litige n’a pas été instruit selon la procédure de l’autorisation environnementale et n’a pas fait l’objet d’une évaluation environnementale ».

Il précise que, sur ce point, la décision du juge du fond relève d’une appréciation souveraine, le juge de cassation n’exerçant qu’un contrôle de l’erreur de droit et de dénaturation, reprenant la position du rapporteur public, « si les juges du fond exercent sur ce point, comme l’a fait la cour au cas présent, un entier contrôle sur la décision du préfet, vous vous limitez en cassation à un contrôle de dénaturation (CE 17 décembre 2018, Sté Clairsienne association Sainte-Thérèse préservée, n° 400311, 413655, aux tables sur un autre point) ».

De ce fait, ce contrôle substantiel du juge du fond sur l’appréciation du préfet renforce indirectement le rôle du juge administratif dans le filtrage environnemental des projets ICPE.

Cette décision s’inscrit dans le prolongement de la jurisprudence France Nature Environnement de 2019 ⁴⁾CE 25 septembre 2019, France Nature Environnement, req. n° 427145 prec., dont elle précise les modalités contentieuses de mise en œuvre. Elle permet au Conseil d’Etat de se « prononcer comme juge de cassation sur les modalités selon lesquelles le préfet met en œuvre cette clause » ⁵⁾CE 28 avril 2026 req. n° 499306, conclusions de M. Nicolas AGNOUX, Rapporteur public .

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